La disputa también llegó al poder judicial. La candidata presidencial Paloma Valencia interpuso una tutela contra el decreto, la cual fue admitida, aunque se negó la suspensión provisional. Además, surgió una controversia en la Corte Constitucional por la decisión de no interrumpir la vacancia judicial para revisar el decreto, lo que generó malestar interno y críticas del expresidente Uribe. El presidente de la Corte, Jorge E. Ibáñez, afirmó que “la justicia no puede estar paralizada” ante estados de excepción, sugiriendo una futura reforma a la vacancia judicial.