Con cinco votos a favor, el Consejo declaró la vacancia del cargo y designó como rector encargado a Andrés Felipe Mora, actual vicerrector general.

Esta decisión deja a la institución en un limbo administrativo y jurídico, con un sector pidiendo la restitución de Peña y otro exigiendo un nuevo proceso de designación desde cero para resolver la incertidumbre y reducir las tensiones internas. La Procuraduría, por su parte, investiga a los miembros del CSU que eligieron a Múnera, lo que añade otra capa de complejidad a la crisis institucional.