Uno de los choques más notorios ha sido entre el presidente Gustavo Petro y el alcalde de Bogotá, Carlos Fernando Galán. Ambos han cruzado declaraciones públicas sobre las cifras de homicidios en la capital, con Galán desmintiendo a Petro al afirmar que Bogotá tuvo “el septiembre con menos homicidios desde 2003”. También han diferido en el manejo de las protestas, donde Galán ha pedido al presidente un rechazo claro a la violencia. Con el gobernador de Antioquia, Andrés Julián Rendón, la disputa se ha centrado en la seguridad en municipios como Anorí, donde el gobernador culpó al “abandono” del Gobierno Nacional por la difícil situación de orden público. Además, ambos líderes se enfrentaron por la financiación de universidades públicas en el departamento. Otro frente de conflicto se abrió con la gobernadora del Valle, Dilian Francisca Toro, a raíz de la reforma a la salud. Petro y el ministro de Salud la acusaron de incumplir un supuesto acuerdo para apoyar la reforma, a lo que Toro respondió que como gobernadora ya no incide en las decisiones del Congreso y criticó que no se incluyeran todas sus sugerencias en el proyecto.
