Sin embargo, esta postura ha sido fuertemente cuestionada.

El presidente colombiano, Gustavo Petro, ha calificado los ataques como "asesinatos" y "crímenes de guerra", mientras que la organización Human Rights Watch (HRW) los ha denominado "ejecuciones extrajudiciales", argumentando que no existe un conflicto armado que autorice dicho uso de la fuerza. La controversia se ha intensificado por la falta de pruebas presentadas por EE. UU. que vinculen a las embarcaciones con el narcotráfico y por la expansión de los ataques desde el Caribe hacia el Océano Pacífico, cerca de las costas de Colombia, lo que ha sido rechazado por la Cancillería colombiana como una violación del derecho internacional.