La existencia de detenidos ha generado cuestionamientos sobre la legalidad de las operaciones, que se han ejecutado sin detenciones previas ni interrogatorios públicos. La situación se complicó aún más con las revelaciones de que una de las lanchas atacadas en septiembre era de origen colombiano y que una de las víctimas fatales era un pescador artesanal, lo que llevó al presidente Gustavo Petro a pedir una investigación a la Fiscalía General de la Nación.