Sin embargo, el gobierno venezolano contradijo esta versión. El ministro Diosdado Cabello admitió el ataque pero negó rotundamente que los ocupantes tuvieran vínculos con el narcotráfico o el Tren de Aragua, calificando el hecho como un 'asesinato contra un grupo de ciudadanos'. A esta denuncia se sumó el presidente de Colombia, Gustavo Petro, quien también lo tildó de 'asesinato'. La controversia se intensificó con un reporte de The New York Times, que, citando fuentes militares, sugirió que la embarcación habría intentado maniobrar en retirada tras detectar un avión de vigilancia, lo que contradice la justificación de una amenaza inminente. La ONU también expresó su preocupación, advirtiendo que la lucha contra el narcotráfico no justifica ejecuciones extrajudiciales.