El Ministerio de Educación inició una investigación administrativa preliminar contra directivos, representantes legales y otros administradores de la Fundación San José para determinar si hubo violaciones a las normas de educación superior. Paralelamente, la Fiscalía General de la Nación abrió una indagación contra Guerrero y funcionarios de la institución por los presuntos delitos de fraude procesal y falsedad en documento. La representante Pedraza ha sugerido que podría tratarse de un "cartel de los títulos", mencionando que escoltas de la UNP también se habrían beneficiado de diplomas irregulares. Tras la anulación de sus títulos, Juliana Guerrero anunció que ya no aspira al cargo de viceministra y, a su vez, denunció a la congresista Pedraza por calumnia ante la Corte Suprema de Justicia.