La auditoría también evidenció una crítica subejecución tanto física como financiera.

Del presupuesto inicial de $4 billones asignado para las vigencias 2023 y 2024, solo se apropió el 16.40%, equivalente a $657.000 millones. Esta desfinanciación tuvo un impacto directo en el avance de las obras. A corte de diciembre de 2024, únicamente se habían ejecutado 117.2 kilómetros de vías, lo que representa un alarmante 0.36% de la meta total de kilómetros propuesta por el programa. Estos hallazgos sugieren un grave retraso en la implementación del proyecto y ponen en tela de juicio la capacidad de gestión y ejecución del INVIAS, además de alertar sobre el posible mal uso de los recursos públicos destinados a mejorar la conectividad y el desarrollo en regiones estratégicas para la paz.