Desde entonces, ha emitido varias liquidaciones oficiales millonarias contra ambas compañías, incluyendo una por $17.406 millones que fue recientemente confirmada.

La defensa de Ecopetrol y Reficar se basa en que, al operar en una zona franca, el tratamiento tributario debería ser diferente y que la base gravable debe determinarse conforme a los precios fijados por el Ministerio de Minas y Energía. La DIAN, por su parte, sostiene que no existe una norma especial que las exima del pago y aplica la regla general del Estatuto Tributario. Ecopetrol ha advertido que un eventual cobro coactivo podría tener un "efecto material adverso" en su liquidez y operaciones, por lo que ha interpuesto recursos de reconsideración y acciones de tutela para frenar las medidas. La disputa ha generado preocupación en el sector energético por el posible impacto en el precio final de los combustibles, que podría aumentar si el costo del impuesto se traslada a los consumidores.