El conflicto se centra en el estatus de zona franca de Reficar.

La DIAN sostiene que, al ingresar al territorio aduanero nacional, los combustibles producidos allí constituyen una importación y, por lo tanto, están sujetos al IVA general del 19%, conforme al artículo 459 del Estatuto Tributario.

La entidad ha ratificado esta postura en varias resoluciones, una de las cuales exige un pago inmediato de $17.406 millones. Ecopetrol y Reficar, por su parte, argumentan que existe una norma especial (artículo 465 del Estatuto Tributario) que delega en el Ministerio de Minas y Energía la fijación de la base gravable para estos productos, y que la DIAN no puede aplicar la regla general. La petrolera ha respondido con acciones de tutela para frenar los procesos de cobro coactivo y evitar posibles embargos que, según advierte, podrían afectar la operación de la refinería, responsable de casi la mitad de la capacidad de refinación del país. La controversia tiene implicaciones económicas significativas, no solo para las finanzas de Ecopetrol, que enfrenta cobros retroactivos que ascienden a $1,3 billones, sino también para los consumidores, ya que se advierte que trasladar este impuesto al precio final podría incrementar el costo del galón de gasolina en hasta $1.300.