La entidad ha emitido liquidaciones oficiales por sumas que ascienden a $17.406 millones en un caso y a $1,3 billones en otro, con un reclamo total al grupo Ecopetrol que podría alcanzar los $9,4 billones. La DIAN fundamenta su actuación en la Ley 1819 de 2016 y en conceptos emitidos en 2024 y 2025, argumentando que se debe aplicar la regla general del artículo 459 del Estatuto Tributario. Por su parte, Reficar y Ecopetrol sostienen que la base gravable del IVA debe ser determinada por el Ministerio de Minas y Energía, conforme al artículo 465 del mismo estatuto y a un concepto previo de la propia DIAN del año 2009. Para defender su posición y evitar posibles embargos, la petrolera ha interpuesto acciones de tutela y anunciado demandas de nulidad. La situación ha generado una gran preocupación, ya que un embargo podría paralizar la operación de Reficar, que representa casi la mitad de la capacidad de refinación del país, poniendo en riesgo el abastecimiento nacional de combustibles y miles de empleos. Aunque la DIAN ha aclarado que no ha decretado medidas cautelares ni embargos, mantiene su postura de cobro, dejando la resolución final en manos de las instancias judiciales.