Sin embargo, la negativa del gobierno del presidente Gustavo Petro a firmar la cofinanciación ha desatado una crisis política.

El alcalde de Cali, Alejandro Eder, acusó directamente al presidente de "castigar a los caleños y a los vallecaucanos" por razones políticas, calificando la decisión como un "desplante" injustificado. Esta percepción es compartida por una parte de la ciudadanía, como lo reveló un sondeo digital donde la mayoría de los participantes consideró la medida como una "retaliación política". En respuesta, la Gobernación del Valle y la Alcaldía de Cali han activado un plan de contingencia. Este incluye una gira internacional para buscar inversionistas y alianzas público-privadas, además de avanzar en la estructuración de las siguientes fases del proyecto, que involucran directamente a Yumbo y Palmira en la financiación de los estudios de factibilidad. La administración regional ha reafirmado que ya cuenta con el 30% de los aportes necesarios y que no supeditará el desarrollo del Valle a diferencias políticas.