Este hallazgo obligó a modificar los planes originales de la obra para preservar y exhibir las estructuras encontradas.

El descubrimiento se produjo en el patio cercano a la entrada de la calle Pichincha. Allí, el equipo de arquitectura encontró estructuras hidráulicas, acequias, tabletas de barro y bases en piedra limonita que formaban parte del sistema de abastecimiento de agua de la ciudad. Originalmente, el espacio estaba destinado a ser una zona verde, pero tras el hallazgo, se transformó en una sala expositiva a cielo abierto de 170 metros cuadrados.

En este nuevo espacio, los restos del acueducto conviven con un guayacán preservado, integrando el patrimonio histórico con la nueva vida cultural del claustro.

El riguroso proceso de excavación, levantamiento y conservación, que se extendió desde abril de 2023 hasta septiembre de 2024, contó con un equipo interdisciplinario de arqueólogos y arquitectos. La gestión del hallazgo fue reconocida por el Instituto Colombiano de Antropología e Historia (ICANH) por el manejo responsable del patrimonio. La segunda fase de la restauración, con una inversión de $19.000 millones, también incluyó la habilitación de nuevos espacios como bibliotecas, una mediateca y laboratorios de cocina. Se estima que la restauración completa del claustro finalizará en 2027, con una inversión total que ascenderá a $93.000 millones.