Vargas será acusado formalmente por los delitos de peculado por apropiación y celebración de contratos sin requisitos legales. El caso se relaciona con el Contrato 104 de 2021, cuyo presupuesto inicial de poco más de 10 mil millones de pesos terminó superando los 15 mil millones. A pesar del aumento presupuestal, el proyecto sufrió graves retrasos y quedó inconcluso, generando el rechazo de la comunidad educativa.

Entre las fallas más notorias se encuentra la demolición del auditorio principal para construir un coliseo que nunca se materializó.

Una de las pruebas clave en el expediente es un estudio de granulometría contratado por la Contraloría municipal con la Universidad Industrial de Santander (UIS). Dicho estudio concluyó que la arena instalada en la cancha de fútbol principal no cumplía con las especificaciones técnicas requeridas en el contrato, al contener partículas demasiado gruesas. La investigación de la Fiscalía no solo involucra al exsecretario Vargas; también están citados a la audiencia de imputación el supervisor del contrato, Roque Julio Oliveros; el representante legal del consorcio contratista, Manuel Eduardo Vesga Moreno; y los representantes de la interventoría, Pedro Mauricio Beltrán Dulcey y Álvaro Solano Aguilar.