Sin embargo, el proceso estuvo empañado por denuncias de irregularidades. Según la Unidad de Recepción Inmediata para la Transparencia Electoral (URIEL), Santander fue el departamento con el mayor número de quejas registradas, con un total de siete. El propio ministro del Interior, Armando Benedetti, señaló que problemas como la reducción de mesas y la falta de tarjetones “deja mucho que desear de la gestión”. En contraste, la Gobernación de Santander, que desplegó más de 3.000 efectivos de seguridad y monitoreó la jornada desde un Puesto de Mando Unificado, reportó que el proceso se desarrolló con normalidad en los 87 municipios, admitiendo solo algunos contratiempos por falta de tarjetones en Barrancabermeja que fueron subsanados.