Esta crisis ha desatado un conflicto institucional con serias implicaciones legales, académicas y políticas.

El Comité Electoral, actuando como máxima autoridad en la materia, declaró la nulidad de la elección argumentando que Barrios Torres no cumplía con los requisitos de experiencia profesional como docente universitario o directivo. En consecuencia, ordenó al Consejo Superior proveer de manera inmediata la vacancia absoluta del cargo. Paralelamente, el ministro de Educación, Daniel Rojas, anunció el inicio de una investigación preliminar contra los miembros del Comité de Credenciales y del Consejo Superior Universitario por un presunto incumplimiento de las disposiciones legales durante el proceso. La elección de Barrios, cercano a un sector del clan Char, generó protestas estudiantiles y un paro en varias facultades, ya que en la consulta universitaria el ganador había sido otro candidato. En respuesta a las acciones del Comité Electoral y del Ministerio, la universidad ha defendido la legalidad del proceso y presentó una denuncia penal por usurpación de funciones. Además, la Contraloría del Atlántico ha iniciado una revisión de un convenio entre la Uniatlántico y la Universidad Autónoma, añadiendo otro frente de escrutinio a la gestión de la institución.