A pesar del dispositivo, surgieron varias denuncias.

El precandidato Manuel De la Hoz denunció el traslado irregular de ocho mesas de votación desde zonas rurales hacia cabeceras municipales, calificándolo de “saboteo al proceso democrático”. En Puerto Colombia, municipio descrito como el “fortín del clan Torres”, el medio La Silla Vacía documentó la operación de maquinaria política tradicional, con “comandos” cercanos a los puestos de votación y la presunta compra de votos por 20.000 pesos a favor de los candidatos Pedro Flórez y Jaime Santamaría. En otros municipios como Sabanalarga y Usiacurí, los votantes enfrentaron largas filas y demoras debido a la falta de mesas o material electoral. A pesar de las controversias, la jornada arrojó resultados significativos, con el senador Pedro Flórez consolidando su liderazgo al obtener más de 185.000 votos, la cifra más alta para la coalición en el departamento.