El proceso de elección, que se llevó a cabo el 10 de octubre, se vio interrumpido tras más de nueve horas de deliberación. La jornada se detuvo por la presentación de recusaciones formales contra tres miembros clave del Consejo Superior: el gobernador del Atlántico y presidente del consejo, Eduardo Verano de la Rosa; el representante de las directivas académicas, Miguel Caro; y la representante estudiantil, Angely Díaz Cordero. Estas acciones legales, descritas en los informes como una "lluvia de recusaciones", alegan posibles conflictos de interés e imparcialidad, lo que obligó a suspender la votación y remitir los casos a la Procuraduría General de la Nación para su resolución. El gobernador Verano explicó la decisión: “Una vez finalice el periodo del doctor Danilo Hernández, inmediatamente queda encargada la doctora Josefa Cassiani, hasta tanto escojamos al nuevo rector, que será en la próxima semana, eso esperamos”. La nueva rectora encargada, Josefa Cassiani, envió un mensaje de tranquilidad a la comunidad universitaria, afirmando: “Ustedes ya conocen de mi trabajo, saben el compromiso que tengo por la institución y se va a ver reflejado en este encargo”. La comunidad universitaria permanece a la expectativa, mientras los cinco aspirantes —Danilo Hernández, Álvaro González, Leyton Barrios, Wilson Quimbayo y Alcides Padilla— esperan la reanudación del proceso para presentar sus propuestas de gestión.