El conflicto se originó por la interpretación del IVA en la importación de combustibles. La DIAN sostiene que Reficar adeuda $1,3 billones correspondientes al 19 % de IVA no liquidado en 61 declaraciones de importación, en las que la empresa aplicó una tarifa del 0 %. La autoridad tributaria ha clasificado el caso como un "proceso de fiscalización aduanero, no tributario", lo que, según el exdirector de la DIAN, Lisando Junco, le permite ejecutar el embargo sin que una demanda suspenda el cobro. En respuesta, Reficar interpuso una tutela argumentando un grave perjuicio económico, mientras que la Unión Sindical Obrera (USO) hizo lo propio preocupada por la afectación a 2.300 empleados. Las consecuencias de un embargo serían severas: se estima un "apagón" de la refinería de entre siete y dieciocho días, lo que interrumpiría el suministro a distribuidores clave como Terpel y ExxonMobil. Adicionalmente, los contratos de bonos de Ecopetrol estipulan que un embargo superior a US$100 millones a una de sus filiales constituye un evento de 'default'.

La situación se agrava al considerar que la propia Ecopetrol enfrenta un proceso similar por $7,5 billones.

Expertos como José Ignacio López, presidente de ANIF, han calificado el conflicto entre dos entidades públicas como "desafortunado" y "sin sentido", instando a una mayor coordinación gubernamental para evitar una "crisis inducida".