La Dirección de Impuestos y Aduanas Nacionales (DIAN) inició un proceso de cobro contra la Refinería de Cartagena por $1,3 billones y contra Ecopetrol por $7,5 billones, debido a la presunta importación de combustibles sin pagar el IVA correspondiente del 19%. La refinería argumenta que la tarifa aplicable era del 0%. El embargo de cuentas podría provocar un apagón de la refinería en un plazo de siete a ocho días, lo que significaría un desabastecimiento de combustibles en la Costa Atlántica. Además, un embargo superior a los US$100 millones constituye un escenario de "default" según las disposiciones de los contratos de bonos de Ecopetrol. Como respuesta, la Refinería de Cartagena interpuso una tutela argumentando grave afectación económica.

En paralelo, los analistas financieros proyectan un trimestre desafiante para la estatal. Corficolombiana y Bancolombia estiman caídas en la utilidad neta del tercer trimestre de 2025 de un 26% y 36,9% interanual, respectivamente, debido a menores precios internacionales y contracción en los márgenes. Adicionalmente, la calificadora Fitch Ratings señaló que las recientes renuncias de miembros de la Junta Directiva y las reacciones del mercado "evidencian ruido en la gobernanza, lo que podría afectar el desempeño operativo futuro". A pesar de estos retos, Ecopetrol avanza en proyectos estratégicos, como la alianza con Petrobras para el desarrollo del proyecto de gas Sirius y planes para nuevas plantas de regasificación en Buenaventura y Coveñas.