De estos, $143 mil millones superan los dos años sin legalizar, elevando el riesgo de un posible detrimento patrimonial. Otro hallazgo alarmante se centra en la facturación, donde se encontraron 22,7 millones de facturas sin procesar por $22,1 billones. Tras una depuración, se identificaron 9,1 millones de registros repetidos por $8,9 billones, dejando un saldo neto de $13,2 billones pendientes de auditoría. La Contraloría subraya que el 97% de estas obligaciones no ha sido sometido a revisión, lo que genera "inconsistencias contables y financieras" y dificulta la verificación de costos y cumplimiento contractual. El riesgo fiscal se concentra en pocos actores: solo 36 de más de 2.700 prestadores de salud agrupan el 40% del valor pendiente, equivalente a $5,2 billones.

Adicionalmente, la entidad no acreditó la capacidad tecnológica necesaria para garantizar la calidad de los datos y se detectaron contratos con documentación incompleta.

Las cuentas por pagar acumuladas a marzo de 2025 ascendían a $21,37 billones, y se identificó una subestimación de $11,1 billones en las reservas técnicas a diciembre de 2024. La Contraloría advierte sobre un "riesgo de deterioro progresivo", a pesar de la intervención de la Superintendencia de Salud, y trasladará los hallazgos a las autoridades competentes para determinar responsabilidades fiscales, disciplinarias y penales.