Calle es especialmente recordada por su voto decisivo en contra del referendo que buscaba permitir una segunda reelección presidencial para Álvaro Uribe Vélez. En ese momento, su postura fue vista como una muestra de independencia judicial que marcó un hito en la defensa de la Constitución. Su trayectoria también estuvo marcada por su defensa de los derechos fundamentales, respaldando decisiones clave sobre el derecho al aborto y la unión de parejas del mismo sexo, consolidándose como una voz progresista y garantista dentro de la Corte. Tras conocerse su fallecimiento, diversas figuras de la vida pública nacional expresaron su reconocimiento. El presidente Gustavo Petro manifestó en su cuenta de X: “Yo admiré a María Victoria Calle profundamente, una mujer del derecho democrático, del estado social de derecho”. El mandatario lamentó no haber coincidido con ella en sus periodos como servidores públicos y envió un mensaje de solidaridad a su esposo, el también exmagistrado Gustavo Gómez Aranguren.

Calle se había retirado de la vida pública hace siete años debido a una enfermedad, dejando un legado de independencia, rigor jurídico y defensa de los principios constitucionales.