La renuncia de Múnera se produjo después de que el Consejo de Estado anulara a mediados de noviembre el acto administrativo que permitió su elección. El alto tribunal determinó que el CSU había actuado sin competencia al realizar una nueva votación en la que resultó electo Múnera, desconociendo que el proceso ya había concluido con la designación previa de José Ismael Peña. La aceptación de la renuncia fue aprobada con cinco votos a favor y una abstención del representante de los profesores, Diego Torres, quien advirtió sobre posibles problemas legales al aceptar la dimisión de alguien que, según el fallo judicial, ya no era formalmente el rector. Con la designación de Mora como rector encargado, se busca garantizar la continuidad administrativa y académica de la universidad. El CSU anunció que en los próximos días convocará un nuevo procedimiento interno para seleccionar al rector en propiedad que completará el periodo vigente, un proceso que deberá ajustarse a los estatutos de la institución.