Durante esa época, Valencia denunció presiones del entonces presidente Uribe, quien lo demandó por injuria y calumnia.

El nuevo ministro se declaró víctima de las 'chuzadas' del DAS, caso en el que también estuvo involucrado el exministro de Defensa de Petro, Iván Velásquez. El presidente Petro justificó el nombramiento afirmando: “En honor a los magistrados perseguidos, será ministro de Justicia el exmagistrado César Julio Valencia Copete”. Su llegada se produce en un momento de tensión entre el Ejecutivo y las altas cortes.

Entre sus principales retos estarán atender la crisis carcelaria, consolidar la política de 'paz total' y manejar la cooperación judicial con Estados Unidos.

Valencia Copete es el cuarto ministro de Justicia del actual gobierno, que busca con esta designación aportar “independencia, experiencia y estabilidad institucional”.