A bordo de las embarcaciones se encontraban las ciudadanas colombianas Manuela Bedoya y Luna Barreto, quienes fueron detenidas en aguas internacionales.

El presidente Petro calificó el hecho como “un nuevo crimen internacional de Netanyahu” y exigió a la Cancillería emprender “todas las demandas respectivas, incluso en la Justicia israelí”. El Ministerio de Exteriores colombiano, por su parte, denunció la acción como un “secuestro” y exigió la liberación inmediata de las activistas y de todos los integrantes de la flotilla. La medida presidencial generó una fuerte reacción en la política nacional.

El partido de oposición Centro Democrático anunció que interpondrá una acción popular contra el mandatario, argumentando que la decisión “amenaza gravemente las relaciones entre ambas naciones” y afecta derechos colectivos de los colombianos. Otras figuras, como el procurador, llamaron a la armonía en las relaciones internacionales. La crisis se enmarca en una postura consistentemente crítica del presidente Petro hacia la ofensiva israelí en Gaza, a la que ha calificado de genocidio. En su pronunciamiento, el mandatario comparó la situación actual con el nazismo, citando a la filósofa Hannah Arendt: “Hitler está vivo en la política del mundo, Arendt tenía razón”. La comunidad internacional también reaccionó, con gobiernos como los de Chile y Bolivia condenando la interceptación de la flotilla.