La situación ha derivado en procesos judiciales contra exdirectivos de la entidad, como el expresidente José Fernando Cardona Uribe, a quien la Fiscalía investiga por presuntamente liderar una estrategia para ocultar deudas y manipular balances contables entre 2019 y 2023 para mostrar utilidades ficticias. Cardona se ha defendido argumentando que el proceso está "politizado" y que se le quiere usar como "chivo expiatorio" de la crisis estructural del sector. La Superintendencia de Salud, que intervino la EPS en abril de 2024, ha acompañado la implementación de nuevos controles como el sistema Factramed para auditar digitalmente la facturación, en un intento por estabilizar el flujo de recursos y evitar la interrupción en la atención de sus 11,7 millones de afiliados.