La publicación de estos archivos no ha estado exenta de controversia. El Departamento de Justicia publicó más de 30.000 páginas, pero alertó que algunos documentos "contienen afirmaciones falsas y sensacionalistas" contra Trump. Además, la desaparición temporal de un archivo que contenía una fotografía de Trump en un mosaico de imágenes de Epstein desató acusaciones de encubrimiento por parte de legisladores demócratas. El Departamento de Justicia explicó que la imagen fue retirada por "exceso de precaución" para verificar que no aparecieran víctimas y posteriormente la restituyó. Trump, por su parte, ha calificado el manejo de los archivos como una "farsa" y ha argumentado que la publicación podría "arruinar la reputación de personas inocentes", dado que Epstein era una figura omnipresente en los círculos sociales de Palm Beach.