Bolton, quien se ha declarado inocente, se entregó a las autoridades tras la imputación. La investigación del Departamento de Justicia se centra en la presunta posesión y transmisión de documentos confidenciales. Específicamente, se le acusa de almacenar registros ultrasecretos en su vivienda y de haber redactado resúmenes diarios de sus actividades en la Casa Blanca, a modo de diario personal, desde una cuenta de correo electrónico privada. El uso de esta cuenta para registrar asuntos gubernamentales podría constituir una violación de las normas sobre manejo de información sensible. Este caso se produce en un contexto en el que el Departamento de Justicia ha presentado cargos contra otras figuras críticas del presidente Trump, como el exdirector del FBI James Comey y la fiscal general de Nueva York, Letitia James. El propio Trump ha negado tener conocimiento previo del caso contra Bolton, a quien se refirió como una "mala persona".

La imputación es particularmente notable dado que Bolton se ha convertido en uno de los mayores críticos del presidente desde que dejó la administración, lo que alimenta la percepción de que la acción judicial podría tener motivaciones políticas.