La situación obligó a una respuesta inmediata del Gobierno Nacional, que ordenó el copamiento militar del territorio para proteger a la población civil.

Desde el 2 de septiembre, habitantes de los corregimientos de San Agustín, Santo Domingo y otras veredas aledañas comenzaron a llegar al casco urbano de Arenal, huyendo de las intimidaciones del grupo armado. Según denuncias, el ELN ordenó el desalojo de la zona, lo que provocó que muchas familias abandonaran sus hogares y pertenencias de manera apresurada. El alcalde de Arenal, Ramón Zayas, describió la situación como crítica, afirmando que “muchos llegaron con lo puesto, algunos incluso sin ropa”, y habilitó el polideportivo municipal como albergue temporal mientras solicitaba ayuda urgente al Gobierno y a organismos humanitarios. Ante la emergencia, el presidente Gustavo Petro se pronunció enérgicamente: “El ELN mandó desalojar las veredas (…). Ordeno al Ejército copar el territorio. No puede haber terreno vedado ni para el Ejército ni para el pueblo de Colombia”. Por su parte, el ministro de Defensa, Pedro Sánchez, calificó el desplazamiento sistemático como un “crimen de extrema gravedad, catalogado como delito de lesa humanidad” y confirmó el despliegue de tropas con equipos antiexplosivos para asegurar la zona ante el riesgo de minas antipersonal.