La investigación ha generado controversia en torno al rol del colegio Gimnasio Campestre Los Laureles Bilingüe, donde Valeria fue vista por última vez. El abogado de la familia, Julián Quintana, denunció que la institución habría alterado la escena al rellenar y reforzar los huecos en la reja por donde presuntamente salió la niña, lo que “impide una reconstrucción adecuada”. La polémica se intensificó con la divulgación de un video donde la rectora, Sonia Ochoa, atribuye la desaparición a “un extrabajador, una persona que odia el colegio”, información que, según Quintana, no fue entregada oportunamente a la Fiscalía. Quintana exigió investigar a fondo estas afirmaciones, declarando: “La víctima es Valeria y su familia, no ella”.

A raíz de esto, la Fiscalía anunció una nueva inspección al colegio y nuevas declaraciones. La Interpol emitió una circular amarilla para la búsqueda internacional de la menor.

Durante los operativos de búsqueda en el río Frío, se hallaron restos humanos que, tras el análisis de Medicina Legal, se confirmó que no correspondían a Valeria, sino a Javier Mauricio García Pineda, un joven de 24 años desaparecido desde el 10 de junio. Este hallazgo, aunque resolvió otro caso, profundizó la angustia de la familia Afanador y de la comunidad, que mantiene la esperanza de encontrar a la niña.