La JEP estableció que Mejía actuó "con conocimiento de la ilicitud y se benefició de un esquema criminal" que operaba bajo presiones institucionales por resultados y ofrecía incentivos como felicitaciones, condecoraciones y permisos a cambio de 'bajas'. La sentencia también reveló la alianza criminal entre militares del batallón y paramilitares de las AUC, quienes, según el fallo, se encargaban de uniformar a las víctimas. Como parte de la condena, la JEP ordenó borrar los honores militares del coronel Mejía, quien deberá cumplir la pena en un establecimiento de reclusión de las Fuerzas Militares y pedir perdón a las víctimas en un acto público en Valledupar.