Este fallo es un hito en la justicia transicional colombiana, ya que es el primero que se dicta contra un alto oficial que no reconoció su responsabilidad y optó por un juicio contradictorio. La Sala de Ausencia de Reconocimiento de Verdad de la JEP, en una decisión de 1.149 páginas, determinó que Mejía fue el máximo responsable de 35 hechos delictivos que resultaron en la muerte de 72 personas en municipios del norte del Cesar y el sur de La Guajira.

Las víctimas eran civiles —campesinos, jóvenes, personas con discapacidad e indígenas— que fueron asesinados y presentados fraudulentamente como guerrilleros caídos en combate para inflar los resultados operacionales.

La JEP concluyó que Mejía “actuó con conocimiento de la ilicitud y se benefició de un esquema criminal”. Como parte de la condena, que deberá cumplir en un centro de reclusión de las Fuerzas Militares, se ordenó la eliminación de todos sus honores y condecoraciones militares y la obligación de realizar un acto público de petición de perdón a las víctimas en Valledupar. La sentencia también develó la alianza criminal entre militares del batallón y paramilitares de las AUC en la región.