Tras conocerse el fallo, las reacciones no se hicieron esperar.

Leopoldo Múnera calificó la decisión como “muy laxa”, aunque anunció que la respetará. Por su parte, José Ismael Peña declaró: “Yo ya asumo la rectoría de la Universidad Nacional”, e hizo un llamado a la reconciliación. Sin embargo, la comunidad universitaria permanece dividida; la Mesa Constituyente de la universidad rechazó el fallo, argumentando que “no ordena el nombramiento” de Peña. La sentencia deja en firme el acto administrativo que designa a Peña, pero la profunda división entre estudiantes, profesores y directivas augura la continuación de la inestabilidad en la institución.