A raíz de estas irregularidades, la Fundación San José interpuso denuncias ante la Fiscalía y la Procuraduría contra los directivos involucrados en la expedición de los títulos. La Fiscalía 42 Especializada de Bogotá adelanta una indagación preliminar por presunta falsedad documental y fraude procesal. El Ministerio de Educación también ha iniciado una investigación administrativa preliminar contra la institución educativa. El escándalo ha tenido repercusiones internacionales, ya que, según informes periodísticos, ha afectado las negociaciones de Colombia para la convalidación de títulos profesionales con países europeos. Además, se investigan posibles nexos políticos y un presunto “cartel de diplomas” que habría beneficiado a otros funcionarios, como escoltas de la UNP.