La Procuraduría ordenó la práctica de pruebas, incluyendo un dictamen técnico para establecer si los precios correspondieron al mercado. Además de los sobrecostos, la investigación disciplinaria también abarca denuncias sobre nombramientos de allegados, como el de Juan Pablo Nieto Egea, presunto pariente de Palma, como gerente contable de la empresa. Frente a la apertura de la indagación, el ministro Palma se pronunció en sus redes sociales, calificando el proceso como "apenas normal en una vida pública y política tan convulsa, polarizada y judicializada". Aseguró que ha enfrentado más de 30 procesos disciplinarios en su carrera y que siempre ha demostrado su inocencia, pidiendo respeto por la presunción de inocencia y cuestionando que la información se filtrara a los medios antes de una notificación oficial.