El conflicto se origina en una diferencia de interpretación normativa. La DIAN, basándose en un concepto ratificado a finales de 2024, sostiene que la gasolina y el ACPM producidos en Reficar deben ser tratados como importaciones y, por lo tanto, están gravados con la tarifa general del IVA. Esto se debe a que la refinería opera bajo un régimen de zona franca.

Ecopetrol y Reficar rechazan esta interpretación, argumentando que la base gravable del IVA debería determinarse conforme a los precios fijados por el Ministerio de Minas y Energía. La DIAN ha emitido múltiples liquidaciones oficiales de cobro, incluyendo una por $9,39 billones a Ecopetrol y varias a Reficar que suman miles de millones, como una reciente por $17.406 millones. La Procuraduría convocó a una mesa técnica urgente para el 19 de noviembre, advirtiendo que el pleito podría derivar en embargos y un impacto total de hasta $22 billones sobre el patrimonio público. Ecopetrol, aunque ha pagado el IVA desde enero de 2025 para cumplir con la normativa mientras se resuelve la disputa, ha interpuesto recursos de reconsideración y acciones de tutela para defender su posición y proteger sus activos.